No tengo ninguno de los 2 pero las diferencias principales son:
Phantom: viene montado con emisora y listo para volar, tiene 4 motores y las baterias duran 20 minutos, pero solo puedes utilizar las originales, y tiene una cobertura de 300 metros de radio.
F550: por defecto viene sin montar y sin emisora, tiene 6 motores (por lo que tiene mas estabilidad y puede levantar mas peso), y puedes utilizar baterias de cualquier marca, y la cobertura de manejo viene definida por la emisora y receptor(2 o 4 km)
Seguro que se me olvida algo pero esto es lo principal